La componente floristica della Val Cavargna è suddivisibile in due tipi distinti: quella che insiste sul calcare e quindi nella zona del Sasso di Cusino, Monte Pidaggia e Sassi della Porta, e l’altra, la parte restante e preponderante, che crescendo sulla silice è presente nel resto della valle. Fra le specie del calcare si segnala la presenza dell’Astro bellissimo (Telekia speciosissima), che si può ammirare anche al bordo della Strada Provinciale che sale da Carlazzo. Sul Monte Pidaggia fiorisce la bellissima Primula di Lombardia (Primula glaucescens), endemismo lombardo. Questa specie viene sostituita ai Sassi della Porta dall’altrettanto appariscente Primula orecchie d’orso (Primula auricula).
Tra le specie più rare della flora calcarea del lago di Como merita attenzione la presenza, sul Sasso di Cusino, della Campanula dell’Arciduca Raineri (Campanula raineri), accompagnata, sempre nella stessa zona (vero scrigno di bellezze!) dal Cardo dentellato (Cardus defloratus), dall’endemica Aquilegia di Einsele (Aquilegia einseleana) e dalla bellissima Genziana alata (Genziana utricolosa). Inoltrandosi nella valle tra Carlazzo e Cusino sui tornanti iniziali si possono scorgere i delicati batuffoli delle Vedovelle celesti (Globularia cordifolia), mentre caratteristica è la presenza dell’Orchidea fior di legna (Limodorum abortivum) che cresce nei pressi della chiesa di Sant’Ambrogio.
Per ammirare le piante che prosperano sulla silice, bisogna recarsi sul Pizzo di Gino, il punto più ricco di fiori della zona. Le bastionate rocciose di questo aspro monte offrono nicchie al coreografico Astro alpino (Aster alpinus) e ai candidi cuscinetti della rara Androsace Vandelli (Androsacetum Vandelli), diffusa anche nei pressi dell’Alpe di Aigua. Il periodo consigliato per osservare la flora del Pizzo di Gino sono i mesi di maggio, giugno e luglio che accolgono l’escursionista con un effetto cromatico, dato dalla miriade di fioriture, di impagabile bellezza.
In prossimità della vetta sono presenti essenze pregiate e rare; un esempio è il Ranuncolo glaciale (Ranunculus glacialis), specie di elevata altitudine e qui rarissima (poche decine di esemplari!) a causa delle quote modeste e dell’esposizione meridionale. Questa pianta era stata segnalata sul Pizzo di Gino nel 1952 da botanici elvetici ed è stata riscoperta nella primavera del 2007 con rari individui anche in Garzirola e sul Camoghè. Sempre in zona sono stati rinvenuti una decina di cuscinetti dell’ Androsace di Vandelli (Androsace vandelli) e dell’Androsace orobica (Androsace brevis), quest’ultima fra le più rare d’Italia, altresì presente ed in modo ancora più limitato sulla vetta del Monte Garzirola. La praterie silicee della valle permettono di ammirare numerose genziane; tra cui la bella Genziana ramosa (Gentiana ramosa), la comunissima Genziana di Koch (Gentiana Kocchiana) e la sua rarissima parente, la Genziana acaule (Gentiana alpina), presente in Garzirola, sulla Cima Verta e alle falde del Pizzo di Gino, unici luoghi ove cresce in Italia.
Osservando con attenzione alcune praterie di media altezza, come quelle che rivestono la località “Croce di Campo”, è possibile individuare la meravigliosa orchidea, la Nigritella comune (Nigritella nigra), dall’incredibile e persistente profumo, intenso e dolcissimo. Nei pascoli più variegati, da 1600-1800 m, è facile distinguere i capolini bianchi dell’Erba iva, nota al volgo come Camomilla di montagna (Achillea moscata) o Genepi bianco.
Onnipresenti nei mesi primaverili sono i rosei cuscinetti della Primula irsuta (Primula hirsuta), che abbondano sulle rocce soprastanti la località "Montagliò" posta a cavallo tra i comuni di San Bartolomeo e Cusino.
Sempre sul Pizzo di Gino vanno ricordate le bellissime fioriture del raro Senecione biancheggiante (Senecio incanus) e, rimanendo alle alte quote e in pascoli sassosi, si possono scorgere i cuscinetti “punteggiati” dai fiorellini rosa della Silene acaule (Silene acaulis). Gli escursionisti più fortunati possono scoprire la rara Dafne rosea (Daphne striata) e il bellissimo Sempiterno di montagna (Antennaria dioica) che “decorano” con le loro fioriture i margini delle pietre. In prossimità delle sorgenti montane si può ammirare una delle stranezze vegetali più insolite della valle, infatti, al bordo dei rigagnoli, cresce una pianta carnivora nota come Erba Unta Alpina (Pinguicola Alpina), capace di catturare e digerire piccoli insetti.
Fra la variegata vegetazione boschiva della valle un posto di rilievo lo occupa sicuramente il castagno (Castanea sativa), di cui si segnala la presenza di alcune varietà da frutto, una volta più diffuse di adesso e che provengono da innesti effettuati in passato. Le varietà individuate sono il Mariòcc, la Lùina (in assoluto la migliore), l’Orena e la Viapiana.
La Pinca, infine, è la vera primizia fra i castagni da frutto di San Bartolomeo Val Cavargna, probabilmente importata dal Piemonte dai magnani che si recavano per praticare il mestiere di stagnino. Questa varietà costituì una preziosa fonte di sostentamento per la popolazione, un tempo estremamente povera, che veniva essiccata nelle "gra", tradizionali essiccatoi a due piani. Nel piano inferiore ardeva un lento fuoco che, sprigionando un fumo denso, raggiungeva il piano superiore dove le castagne erano sistemate su sottili aste tra loro distanziate. Le castagne venivano così conservate per l’inverno o ridotte in farina utilizzata per la preparazione di polente o come ulteriore ingrediente per la panificazione. Proprio alla varietà Pinca appartengono la "Popessa", maestoso esemplare di castagno nel comune di San Bartolomeo (località Vraghez), seconda solo per dimensioni al grande esemplare che cresce sopra Cusino nei pressi di Lugone.
Tra le altre specie arboree della Val Cavargna, ricca di boschi estesi e intricati, si segnala il raro abete bianco (Abies alba), sporadicamente diffuso alle pendici del Monte Pizzone. Sugli abeti bianchi della Val Cavargna sono state effettuate varie ricerche fra cui la tesi di laurea di Alessandro Provaso.
La presenza delle piante legnose permette la crescita e la riproduzione di numerose specie di funghi, molto frequenti nelle faggete e nei boschi di abete rosso. Il fungo più caratteristico e ricercato della valle è una specie lignicola chiamato localmente "Barbuscion" (Grifola frondosa) che cresce sui tronchi, sui ceppi e lungo le radici del castagno.
